CAGEキット
CAGEキットは、CAGE(Cap Analysis of Gene Expression)-seqを手軽に研究開発に導入していただけるよう、CAGEライブラリー調製に必要な試薬とプロトコルをセットにした製品です。
CAGE-seqは、理化学研究所(理研)とダナフォームが共同開発した、他の発現解析技術とは異なる視点のトランスクリプトーム解析技術です。 CAGE-seqは、mRNAの5'末端から切り出した短いタグの配列を決定し、マップすることにより、タグ配列の頻度を数値化するものです。CAGE-seqの際立った特徴は、転写物のプロモーターを正確にとらえて、これにもとづく発現プロファイルを取得できることです。
Illumina HiSeq2000/2500シーケンサーの1レーンを用いたシーケンス解析により、8-plex時に、サンプルあたり平均1,000万リードの解析結果が得られます。このCAGE-seqで得られた発現プロファイルは、各種発現解析やゲノムアノテーション研究における強力なツールとなります。
CAGE-seqの主なアプリケーション
- ゲノムワイドな遺伝子発現解析
- プロモーター部位の予測
- 定量的mRNA/ncRNA発現プロファイル
活用実績(一例)
- 理研「FANTOMプロジェクト」
- NIH「ENCODEプロジェクト」
- 文部科学省「遺伝子ネットワークプロジェクト」
CAGE-seqの特徴
ユニークなデータ
転写開始点を実験的に同定。
プロモーター活性の数値化が可能。
広い応用範囲
どの生物種でもトランスクリプトーム解析が可能。
広いダイナミックレンジ
まれな転写物の検出も可能。