CAGEキット

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CAGEキット

CAGEキットは、CAGE（Cap Analysis of Gene Expression）-seqを手軽に研究開発に導入していただけるよう、CAGEライブラリー調製に必要な試薬とプロトコルをセットにした製品です。

CAGE-seqは、理化学研究所（理研）とダナフォームが共同開発した、他の発現解析技術とは異なる視点のトランスクリプトーム解析技術です。 CAGE-seqは、mRNAの5'末端から切り出した短いタグの配列を決定し、マップすることにより、タグ配列の頻度を数値化するものです。CAGE-seqの際立った特徴は、転写物のプロモーターを正確にとらえて、これにもとづく発現プロファイルを取得できることです。

Illumina HiSeq2000/2500シーケンサーの１レーンを用いたシーケンス解析により、8-plex時に、サンプルあたり平均1,000万リードの解析結果が得られます。このCAGE-seqで得られた発現プロファイルは、各種発現解析やゲノムアノテーション研究における強力なツールとなります。

CAGE-seqの主なアプリケーション

  • ゲノムワイドな遺伝子発現解析
  • プロモーター部位の予測
  • 定量的mRNA／ncRNA発現プロファイル

活用実績（一例）

  • 理研「FANTOMプロジェクト」
  • NIH「ENCODEプロジェクト」
  • 文部科学省「遺伝子ネットワークプロジェクト」

CAGE-seqの特徴

ユニークなデータ

転写開始点を実験的に同定。
プロモーター活性の数値化が可能。

広い応用範囲

どの生物種でもトランスクリプトーム解析が可能。

広いダイナミックレンジ

まれな転写物の検出も可能。

関連情報:

製品仕様

  • Cap-Trapper法により5'capをキャプチャーと同時にrRNAを除去します。
  • ランダムプライミングによりmRNAに加えてnon-coding RNAもカバーします。
  • バーコードを使用することで、マルチプレックスシーケンス解析に対応できます。
  • 作製したライブラリーはIllumina社製次世代シークエンサーで解析が可能です。
  • 本キットには逆転写酵素が含まれておりません。

データ解析には国立遺伝学研究所にて提供しておりますNGSデータ解析プラットフォームが利用可能です。
国立遺伝学研究所>NGSデータ解析プラットフォーム

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技術概要

CAGE（Cap Analysis Gene Expression）-seqは、遺伝子発現プロファイルやプロモーターを特定する新しいアプローチです。
CAGE-seqは、完全長cDNAの5'末端にアダプターをライゲーションさせる完全長cDNAライブラリー作製技術がベースになっており、これを次世代シーケンス解析に供します。 CAGE-seqをゲノム配列上でマッピングすることにより、転写開始点を同定することができます。 このように、CAGE-seqは、新規遺伝子の発見、ゲノムワイドな遺伝子発現解析、プロモーター解析の強力なツールとなります。

データの解析方法についての詳細
シークエンス、データの可視化、解析についての詳細はこちら

Sequencing Guide of nAnT-iCAGE Library with an Illumina 2000/2500 sequencer

サンプルデータダウンロード

未処理のFASTQ形式データ、処理済みのFASTQ形式データ、参照用ゲノム、解析結果をダウンロードする
* ファイルサイズが32.6GBになるためダウンロードに時間がかかります。
ダウンロード

他の発現解析技術との比較

遺伝子発現解析の手法は多くあり、それぞれに利点があります。CAGE法が他の遺伝子発現解析手法とは異なる最大のポイントは、CAGE-seqがゲノムワイドに転写開始点を正確に同定できる点にあります。
CAGE-seqでは、プロモーター領域の詳細な解析ができるため、特定遺伝子の発現制御に関与したプロモーターごとに分けて解析する ことが可能となり、転写のシグナル伝達のカスケードを明らかにするなど、新しい視点に立ったゲノムアノテーションが可能になります。

主な遺伝子発現解析法の比較
CAGE-seq RNA-seq SAGE マイクロアレイ
未知遺伝子を含むトランスクリプトーム解析 ○ ○ ○ ×
定量性／ダイナミックレンジ ◎ ※1 ○ ○ △
プロモーター部位の同定 ◎ △ × ×
Transcription Factor Binding Motifの予測 ◎ △ × ※2 × ※2
Bidirectional enhancer RNAの同定 ◎ × × ×
Alternative Exon1の同定 ◎ △ × ×
選択的スプライシングや融合転写物など遺伝子の構造の同定 × △ ※3 × ×
全工程にかかる解析所要期間 △ △ △ ○
サンプル調整難易度 × ※4 △ △ ◎
データ解析ツール △ ○ △ ○
  • ※1 PCR工程も無く、長さのバイアスも無い
  • ※2 5'末端はデータベース情報に依存
  • ※3 Sequence depthによる
  • ※4 8日間の工程

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CAGEキット価格

8サンプル分の試薬キット

  • 品名：CAGE Library preparation kit 8 sample version
  • 価格：200,000円（税込220,000円）

48サンプル分の試薬キット

  • 品名：CAGE Library preparation kit 48 sample version
  • 価格：1,000,000円（税込1,100,000円）

出荷および手続き費用

国内発送

国内へ納品の場合、追加で送料は発生しません。

海外発送

製品代金以外に輸送費用、梱包費用、手数料が必要です。費用は製品形態と発送先地域により異なります。
詳細はこちらのページをご確認ください。
出荷及び手続き費用

発注国によっては税金が別途加算されることがあります。
この費用も発注者負担といたします。価格表示と取引は全て「日本円」とします。

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出荷および手続き費用

国内への納品の場合追加で送料は発生しません。
CAGEキットは、平日に配送されるように配慮し、-20℃および4℃にてお届けします。（クール宅急便）。

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order@dnaform.jp

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